Als in den neunziger Jahren des 19. Jahrhunderts vermehrt Studenten von außerhalb Bayerns dem schon damals internationalen Ruf der Universität Würzburg besonders im naturwissenschaftlichen und medizinischen Bereich folgten, befanden sich darunter auch sechs Verbindungsstudenten aus Bonn und Münster. Es lag für diese nahe, auch an ihrem neuen Studienort eine katholische Korporation zu begründen. Deren eigene Verbindungen, Novesia Bonn und Sauerlandia Münster, hatten sich wenige Jahre zuvor, im Jahre 1891, in der Kartellvereinigung katholischer deutscher Korporationen (seit 1905 Kartellverband der katholischen deutschen Studentenkorporationen, KDV) zusammengeschlossen, der nun auch die neue Würzburger Verbindung angehören sollte.

Am 29. Mai 1893 wurde dieser Plan in einer Gaststätte im nahegelegenen Reichenberg in die Tat umgesetzt. Für die neue akademische Verbindung wählte man den Namen „Cheruscia“, die Farben rosa-weiß-hellblau und den Wahlspruch „sincere et constanter“. Ziel der Korporation war vornehmlich, Studenten aus Norddeutschland mit solchen aus Süddeutschland unter den Prinzipien des Kartellverbandes „deo et patriae“ zusammenzuführen. Nach einer Phase vor allem personeller Konsolidierung erhielt Cheruscia bald die akademische Anerkennung vom Senat der Universität (1895), unterzeichnet von dem Physiker Wilhelm Conrad Röntgen, der noch im gleichen Jahr die nach ihm benannten Röntgen-Strahlen entdecken sollte. Seit 1912 gehört Cheruscia wie auch die mittlerweile sechs anderen KDV – Verbindungen dem Cartellverband der katholischen deutschen Studentenverbindungen (CV) an.

Im Verlauf ihres nunmehr über hundertjährigen Bestehens durchlief die Verbindung manche Höhen und Tiefen. Zu den erfreulichsten Kapiteln der Geschichte Cherusciae zählen wohl die Gründung zweier Tochterverbindungen, Bavaria in Berlin (1898) und Tuiskonia in München (1900), daneben auch der Kauf eines ersten eigenen Hauses im Jahre 1927, das freilich in der Zeit des Nationalsozialismus durch Zwangsverkauf verloren ging. Die nationalsozialistische Diktatur bildete für Cheruscia wie für die deutsche Geschichte überhaupt hingegen eine grundlegende Zäsur. Die Zugehörigkeit zu einer katholischen Korporation wurde zunehmend schwieriger. Auch die Studentenverbindungen bezog der Führerstaat in seine Politik der Gleichschaltung mit ein. Immer neue Vorschriften arbeiteten letztlich auf die Zerschlagung des katholischen Korporationswesen zu. Aus den Katholischen Deutschen Studentenverbindungen des CV (KDStV) wurden, nachdem im Jahre 1934 zwangsweise das Katholizitätsprinzip aufgegeben werden musste, Deutsche Studentenverbindungen (DStV), nach innen organisiert gemäß dem von oben geforderten Führerprinzip und zusammengefasst im Nationalsozialistischen Deutschen Studentenbund (NDStB). Noch 1934 und 1935 nahmen jedoch die Mitglieder der DStV Cheruscia unter heftiger Kritik der nationalsozialistischen Presse an der Fronleichnamsprozession teil. Unter dem zunehmenden Druck durch das nationalsozialistische Regime sah der CV aber bald kaum Aussichten auf die weitere Existenzmöglichkeit seiner Verbindungen und löste sich im Jahre 1935 selbst auf.

Cheruscia führte zunächst das Verbindungsleben noch einige Zeit fort, musste aber im Februar 1936 ebenfalls die Auflösung beschließen. Zwei Jahre später verbot ein Erlass des Reichsführers SS die katholischen Akademiker- und Studentenverbände. Indessen blieb das Verbindungsleben im Untergrund eingeschränkt bestehen, so dass etwa im Jahre 1943 das 50. Stiftungstag in Würzburg gefeiert werden konnte. In den Nachkriegsjahren bemühten sich die in Würzburg verbliebenen Bundesbrüder um ein Wiedererstehen ihrer Verbindung, organisierten Stammtische und druckten erste Mitteilungsblätter. Eine Postkartenaktion suchte in ganz Deutschland den Kontakt zu den übrigen ehemaligen Mitgliedern wiederherzustellen. Im Jahre 1948 erlangte die Verbindung die Lizenzierung durch den Würzburger Oberbürgermeister und konnte daher im Mai die erste Nachkriegs-Semesterantrittskneipe feiern. Bis 1957 entstand auf einem Trümmergrundstück in der Keesburgstraße ein neues Haus, das bis heute den Mittelpunkt des Verbindungslebens darstellt.
Nach ihrer wechselhaften Geschichte zählt die Verbindung heute ca. 370 Mitglieder, darunter etwa 30 Studierende unterschiedlicher Fachrichtungen. Die K.D.St.V. Cheruscia gehört dem ebenfalls nach dem 2. Weltkrieg wiedererstandenen CV an, der heute der größte Akademikerverband Europas ist. Innerhalb des CV bemüht sie sich besonders um engere Kontakte zu den sechs ehemaligen KDV-Verbindungen in Bonn, Münster, Berlin, Marburg, Freiburg und München. Ein jährliches KDV-Treffen erinnert an die gemeinsame Entstehungsgeschichte dieser Verbindungen und ihr Fortbestehen im CV. Cheruscia arbeitet zudem mit weiteren Würzburger Korporationen im sogenannten WCV (Würzburger CV) und ICC (Interkorporativer Convent) zusammen.