„Das Studium an einer frühneuzeitlichen Universität gestaltete sich zunächst noch ganz nach den Bildungstraditionen des Mittelalters. Nach dem Willen Julius Echters sollte die Jugend seines Hochstifts an der neuen Universität die „principia der freyen Künste und dann ein oder die ander ihnen gefällige facultet erlernen“. Die sogenannte „Volluniversität“ besaß vier Fakultäten. Jeder Student durchlief zunächst die philosophische oder „Artistenfakultät“, wo er entlang des antiken Bildungsprogramms der „septem artes liberales“ die Grundlagen für das weitere Studium in einer der drei anderen Fachrichtungen, der Theologie, Jurisprudenz oder Medizin erlernte. Erst viel später differenzierten sich langsam die weiteren Studienrichtungen aus. Im Verlauf des 18. Jahrhunderts erfolgten Reformen zur Modernisierung des Studienbetriebs nach den Erfordernissen der Zeit, durch die etwa die Naturwissenschaften Eingang in die Lehre fanden. Auf den Lehrstühlen der „Alma Julia“; finden sich nun mehrere bedeutende Vertreter der Aufklärung. Die Universität Würzburg entwickelte sich geradezu zu einem der Zentren der katholischen Aufklärung in Oberdeutschland.
Wissenschaftliche Glanzpunkte der Universitätsgeschichte bot vor allem das 19. und beginnende 20. Jahrhundert. Die Universität brachte in dieser Zeit fünf Nobelpreisträger hervor, darunter beispielsweise Wilhelm Conrad Röntgen. Die heutige, nach ihrem Begründer und dem ersten bayerischen König benannte Julius-Maximilians-Universität blickt auf eine mehr als vierhundertjährige Geschichte zurück. Inzwischen ist die Hochschule der Enge ihres ersten Gebäudes entwachsen und hat an mehreren Stellen der Stadt neue Standorte für die verschiedenen Fakultäten und Institute geschaffen. Eine Inschrift auf dem am Ende des 19. Jahrhunderts errichtete neubarocken Hauptgebäude am Sanderring verkündet unter der Figur des Prometheus das Motto des Lehrens und Forschens in den Hallen der „Alma Julia“: VERITATI.